Помимо этого бойцы ФСО будут защищать охраняемые объекты от воздействия вредных и опасных химических веществ. В число их полномочий входит защита гособъектов от подобного рода угроз.
Как только появится реальная опасность биологического или химического характера, сотрудники ФСО должны проинформировать об этом администрацию подзащитных объектов. Помимо этого ведомство обяжут вести связь с территориальными органами Роспотребнадзора, Федерального медико-биологического агентства и МЧС. С их помощью будут осуществляться мероприятия по противодействию использованию опасных биологических агентов и химоружия.