Компания не выполнила некоторые обязательства по контракту с Федеральным агентством по недропользованию. Это повлекло наличие у последней неосвоенных бюджетных денег в размере около 4,3 миллиарда рублей.
Причиной недостаточно эффективной работы Росгеологии и Роснедр является наличие недостатков в организации обеих компаний.